1a. Az 1861–1954 között szakrendben felállított állomány két betűrendes (dobozos) cédulakatalógusban kereshető. A kötetes és analecta-jellegű anyagok a K-, a levelezés katalóguslapjai pedig az L-betűjellel ellátott dobozokban vannak. A 19. század végi tudományfelosztási rendszernek megfelelő szakcsoportokban a magyar nyelvészet, az irodalom, a jogtan, a természettudományok, a filozófia, az egyháztörténet, a történelem és az orvostudomány tárgykörébe tartozó kéziratok, továbbá a kor ismert íróinak és tudósainak levelei és képei vannak elhelyezve.
1b. Az 1954-től numerus currens rendszerben felállított állomány kötetes és analecta-jellegű kéziratokból, író-, művész- és tudóshagyatékokból áll. Az 'Ms' és numerus currens jelzettel ellátott egységről szerzői és (korlátozott mértékben) tárgyszavas, közös betűrendes katalógus áll az olvasók rendelkezésére a kutatóterem fiókos katalógusszekrényeiben. A legértékesebb, leggyakrabban kutatott kéziratos író- és tudóshagyatékokról nyomtatott katalógusok is készültek.
2.
A gyászjelentés-gyűjteménynek külön betűrendes cédulakatalógusa van. Ebben találhatók az író-, művész- és tudóshagyatékokból kiemelt gyászjelentések katalóguslapjai.
3.
A K-gyűjteményben találhatók a magyar és idegen nyelvű kódexek és oklevelek, a Kisfaludy Társaság kéziratgyűjteménye, a magyar irodalom és a tudomány kiemelkedő képviselőinek (pl. Bolyai Farkas és János, Kazinczy Ferenc, Csokonai Vitéz Mihály, Vörösmarty Mihály és Arany János) kéziratos hagyatéka és levelezése, az Elischer-féle Goethe-gyűjtemény, a Széchenyi-gyűjtemény és Ady Endre hagyatékának jelentős része, valamint Bartók Béla és Kodály Zoltán kéziratai. A 20. század kiemelkedő természettudósainak (pl. Neumann János, Wigner Jenő, Hevesy György, Szent-Györgyi Albert, Max Planck és Werner Heisenberg) levelei és kéziratai is ide vannak besorolva. Jelzetük K-betűjel és numerus currens.
4. Az Akadémia és a Kisfaludy Társaság pályázataira beküldött szépirodalmi, színművészeti és tudományos pályaművek külön egységet képeznek.
5.
A Régi Akadémiai Levéltár az Akadémia 1825–1949 közötti (az alapítástól az átszervezésig terjedő időszakra vonatkozó) hivatalos iratait, levelezését és jegyzőkönyveit tartalmazza. Ide tartozik az MTA Könyvtárának 1831–1949 közötti iratanyaga is. Az 1825–1890 közötti időszakból származó dokumentumok cédulakatalógus, 1891-től kötetes mutatók és egyéb segédletek igénybevételével kutathatók. Jelzetük RAL-betűjel, numerus currens és évszám.
6. Az Akadémia Tudományos Minősítő Bizottságának (TMB) és utódjának, a Doktori Tanácsnak (DT) kéziratként benyújtott és megvédett kandidátusi és akadémiai doktori disszertációk egy-egy példányát 1953 óta a Kézirattár őrzi. A disszertációk a Kézirattár kutatótermében szerzői betűrendes cédulakatalógusban, 1994-ig nyomtatott, illetve sokszorosított katalógusban, valamint naprakész számítógépes adatbázisban kereshetők. Jelzetük D-betűjel és numerus currens. A fokozatért benyújtott könyvek a Könyvtár nagyraktári állományába kerültek, így az Arany János utcai olvasóteremben olvashatók.
7.
A 18–19. századi kéziratos térképek gyűjteménye.
8.
A T-gyűjteményben találhatók a kódex- és nyomtatványtöredékek. Jelzetük T-betűjel és numerus currens.
9. Külön kezeljük az akadémikusokról, írókról, költőkről és művészekről készült érmek gyűjteményét, melyek ajándékként kerültek az Akadémia, illetve a Könyvtár birtokába.
